Die Ausstellung "In der Spur des Menschen – Biologische Invasionen" vermittelt Kenntnisse zum weltweiten Phänomen beim Eindringen neuer Pilz-, Tier- und Pflanzenarten in fremde Lebensräume. Zusätzlich werden wechselnde Sonderausstellungen gezeigt. Das aktuelle Programm hierzu findet sich auf der Webseite des Museums.
Das Naturkundemuseum Potsdam befindet sich im ehemaligen Ständehaus der Zauche, das Versammlungshaus der Landräte. Es gehört zu einem Ensemble architektonischer Kleinode in der Breiten Straße und wurde 1770 nach Plänen von Georg Christian Unger erbaut. Das Gebäude wurde im 2. Weltkrieg stark zerstört und zwischen 1977 und 1981 wieder aufgebaut. Seit 2005 hat das historische Gebäude wieder einen barocken Vorgarten und gilt als ein Musterbeispiel für die kulturelle Nutzung eines denkmalgeschützten Objektes.
Das Naturkundemuseum Potsdam ist eines von vier teilnehmenden Museen der MUSEUM Kombikarte.